Articles

PROTEOMIC ANALYSIS AND FRUIT RIPENING

Article number
682_22
Pages
211 – 224
Language
English
Abstract
The study of complex biological processes, such as fruit ripening, through comparative proteomics is becoming increasingly attractive to plant biologists as the rapidly expanding plant genomic and EST sequence databases provide improved opportunities for protein identification.
This review summarizes some typical experimental approaches that are used to evaluate complex protein populations and to identify differentially expressed proteins.
In addition a number of practical issues are highlighted that are associated with comparative proteomic analysis including the challenges of effective protein extraction and separation from problematic plant tissues, that often includes fruits, the pros and cons of 2-D gel-based analysis and the challenge of identifying proteins from species that are not recognized models for functional genomic studies.

Publication
Authors
J.K.C. Rose, M. Saladié
Keywords
proteomics, tomato fruit ripening, cell wall, genomics, protein sequencing and detection, 2-D gel electrophoresis
Full text
Online Articles (306)
J. Golding | S. Satyan | A.C. Rath | J. Jobling | H. James
B. Gouble | S. Bureau | M. Grotte | M. Reich | P. Reling | J.M. Audergon
L. Galleti | L.A. Lizana | H. Berger | M. Tapia
J.K.C. Rose | M. Saladié
C. Pons | C. Royo | J. Forment | J. Gadea | Y. Lluch | A. Granell | L. Zacarias | M.T. Lafuente | A.K. Kanellis
A. Aharoni | F.W.A. Verstappen | H.J. Bouwmeester | J. Beekwilder
F. Ziliotto | M. Begheldo | A. Rasori | C. Bonghi | A. Ramina | P. Tonutti
L. González-Candelas | P. Sánchez-Torres | S. Alamar | B. Establés | A.R. Ballester | M.T. Sánchez-Ballesta | Y.L. Luch | M.J. Gosalbes | L. Zacarias | J.F. Marcos | M.T. Lafuente | J. Forment | A. Granell
T. Pawlowski | M.A. Grandbastien | M. Faurobert | C. Mihr | M. Causse
N. Halloran | M.U. Kasim | R. Kasim
V. Dal Cin | F.M. Rizzini | A. Botton | F. Ziliotto | M. Danesin | P. Tonutti
F. Cecchi | G. De Martino | A. Bellincontro | R. Botondi | F. Mencarelli
I. El-Sharkawy | J.M. Lelièvre | J.C. Pech | A. Latché
C.O. Budde | G. Polenta | A. Pagani | J. Gabilondo | M. Fussi | R. Murray
P.J.R. Cronjé | E.M. Crouch | M. Huysamer
I. El-Sharkawy | D. Manriquez | F.B. Flores | A. Latché | J.C. Pech
G. Hrazdina | M. Hemmat | E. Kiss | Z. Galli | H.S. Aldwinckle | C.L. Rosenfield
C.P. Peace | R. Ahmad | T.M. Gradziel | A.M. Dandekar | C.H. Crisosto
S. Okamoto | K. Tsuruda | N. Yamaguchi | T. Matsuo | Y. Nakamura
A.R. Schuelter | F.L. Finger | C.D. Cruz | V.W.D. Casali | A.T. Amaral Jr.
E. Fallik | S. Alkalai-Tuvia | Y. Shalom | O. Larkov | U. Ravid
E. Vanstreels | B. Verlinden | M.C. Alamar Gavidia | B. Nicolaï | A. Enninghorst | J.K.A. Loodts | H. Ramon
A. Botton | F. De Franceschi | A. Ramina | P. Tonutti | M. Vegro | G. Pasini | G. Marcer | C. Gemignani
W. van Ieperen | U. van Meeteren | J. Oosterkamp | G. Trouwborst
O. Feygenberg | V. Hershkovitz | R. Ben-Arie | S. Jacob | E. Pesis | T. Nikitenko
M.T. Charles | S. Kalantari | R. Corcuff | J. Arul
S. Surawang | N. Rattanapanone | R. Linforth | A.J. Taylor
A. Chiesa | D. Frezza | S. Moccia | A. Oberti | A. Fraschina | L. Díaz
E. Róth | E. Kovács | M.L.A.T.M. Hertog | E. Vanstreels | B. Nicolaï
C. Camps | P. Guillermin | J.C. Mauget | D. Bertrand | F. Laurens
I. Wiryawan | M.L.A.T.M. Hertog | X.I. Trejo Araya | A.R. East | K.M. Maguire | A.J. Mawson
S. Kampuse | K. Kampuss | I. Skrupskis | B. Skrebele
Y. Soria | I. Recasens | L. Labarta | C. Larrigaudière | P. Barreiro
L. Yáñez-López | J. Domínguez | M.C. Fajardo | F. Malpico | J. Soriano | C. Pelayo | M.A. Armella | F. Diaz-de-León
N. Scheerlinck | M. Desmet | C. Franck | J. Lammertyn | M.L.A.T.M. Hertog | B. Nicolaï
F.B. Flores | D. Manriquez | I. El-Sharkawy | A. Latché | J.C. Pech
K.P. Rutkowski | D.E. Kruczynska | W. Plocharski | A. Wawrzynczak
C.J.O. Ribeiro | P. Bandeira-Tavares | E.A.S. Rosa | O. Meireles | A. Silva
I.I. Tahir | A. Jönsson-Balsgård
J. Cuquerella | A. Salvador | J.M. Martinez Jávega | P. Navarro
A.D. Hernández-Fuentes | N. Güemes-Vera | N. Aquino-Bolaños | J.M. Pinedo-Espinoza
C.Z. Jiang | J.C. Chen | M.S. Reid | D.G. Clark
V. Dal Cin | M. Danesin | A. Ramina | A. Dorigoni | A. Boschetti | B. Ruperti
M.T. Lafuente | L. Zacarias | J.M. Sala | M.T. Sánchez-Ballesta | M.J. Gosalbes | J.F. Marcos | L. González-Candelas | Y. Lluch | A. Granell
M.L.A.T.M. Hertog | J. Lammerteyn | M. Desmet | N. Scheerlinck | B. Nicolaï
J. Jobling | G. Brown | E. Mitcham | D. Tanner | S. Tustin | I. Wilkinson | A. Zanella
C.H. Crisosto | G.M. Crisosto | D. Garner
E. Bobelyn | A. Schenk | B. Verlinden | M.L.A.T.M. Hertog | B. Nicolaï
M.D.C. Antunes | T. Panagopoulos | S. Rodrigues | N. Neves | F. Curado
D. Aggarwal | S.E. Prussia | W. Florkowski | G. Lysiak
D. Valero | F. Guillén | J.M. Valverde | D. Martínez-Romero | S. Castillo | M. Serrano
J.R. DeEll | D.P. Murr | L. Wiley | R. Mueller
C. Larrigaudière | R. Vilaplana | M.C. Valentines | Y. Soria | I. Recasens
P. Eccher Zerbini | P. Cambiaghi | M. Grassi | A. Rizzolo | R. Cubeddu | A. Pifferi | A. Torricelli | G. Biscotti
H. Higashio | H. Hirokane | F. Sato | S. Tokuda | A. Uragami
A. Berna | J. Lammerteyn | S. Saevels | B. Nicolaï | I.U. Grün | S. De Poortere | S. Buysens | C. Di Natale
C.L. Moretti | L.M. Mattos | F.L.N. Berg | J.Z. Santos
O. Feygenberg | V. Hershkovitz | R. Ben-Arie | S.Jacob | E. Pesis | T. Nikitenko
L. Huajaikaew | A. Uthairatanakij | S. Kanlayanarat | H. Gemma
F. Guillén | J.M. Valverde | D. Martinez-Romero | S. Castillo | D. Valero | M. Serrano
Y. Imahori | K. Uemura | I. Kishioka | H. Fujiwara | A.Z. Tulio Jr. | Y. Ueda | K. Chachin
A. Salvador | L. Arnal | A. Monterde | J. Cuquerella
I. Sotome | J. De Baerdemaeker | S. Oshita | Y. Kawagoe
T. Cooper | A. Gargiullo | J. Retamales | J. Streif
J.T. Cavalheiro | A.A. Santos | R.I. Marques | A. Pirra | A. Silvestre
D. Monarca | M. Cecchini | D. Antonelli | M.L. Mordacchini Alfani | M.C. Salcini | R. Massantini
M.I. Egea | M.A. Murcia | P. Sánchez-Bel | F. Romojaro | M.C. Martínez-Madrid
M. Valdenegro | F.B. Flores | F. Romojaro | M. Ramírez | M.C. Martínez-Madrid
V. Ziosi | S. Biondi | P. Torrigiani | A. Rasori | A.M. Bregoli | G. Costa
E. Araiza | T. Osuna | J. Siller | L. Contreras | E. Sanchez
E. Bringas-Taddei | J. Mercado-Ruiz | J. Garcia-Robles | G. González-Aguilar | R. Troncoso | R. Báez-Sañudo | D. Petit-Jiménez
B. Nicolaï | J. Lammerteyn | E.A. Veraverbeke | M.L.A.T.M. Hertog | E. Róth | A. Berna | M.C. Alamar | B. Verlinden | P. Jancsók
U. Matsushima | P. Geltenbort | Y. Kawabata | T. Nakano | M. Hino | B. Nicolaï
E. Geoffriau | C. Dubois | J. Granger | M. Briard
L.M.M. Tijskens | R.E. Schouten | W.C. Lin
R. Consonni | T. Recca | M.A. Dettori | D. Fabbri | G. Delogu
P. Eccher Zerbini | M. Vanoli | M. Grassi | A. Rizzolo | M. Fibiani | G. Biscotti | A. Pifferi | A. Torricelli | R. Cubeddu
R. Symoneaux | G. Royer | E. Madieta | F. Jourjon
M. Vanoli | P. Eccher Zerbini | M. Grassi | A. Rizzolo | M. Fibiani | A. Zanella | A. Pifferi | S. Spinelli | A. Torricelli | R. Cubeddu
A. Boschetti | M. Vescovi | D. Barbon | A. Tonini | A. Weber | S. Iannotta | L. Fadanelli | G. Stoppa
D. Barbon | A. Weber | M. Vescovi | A. Tonini | A. Boschetti | S. Iannotta | L. Fadanelli | G. Stoppa
P. Mattè | L. Buglia | A. Boschetti | L. Fadanelli | C. Chistè | F. Zeni
S.E. Prussia | D. Aggarwal | G. Lysiak | W. Florkowski
G.C. Di Renzo | G. Altieri | L. D'Erchia | G. Lanza | M.C. Strano
W.O. Lee | H.S. Yun | K.H. Lee | H. Jeong | H.D. Lee | K.H. Cho
B. Teruel Mederos | L. Barbosa Cortez | T.G. Kieckbusch | A.G. Barbosa de Lima
M. Serrano | D. Martínez-Romero | F. Guillén | S. Castillo | J.M. Valverde | D. Valero
J.V. Castro | L.B. Pfaffenbach | C.R.L. Carvalho | C.J. Rossetto
L. Maré | M. Huysamer | M.C. Dodd | A.B. Truter | A.T. Kemp | D.M. Holcroft
J.A. Quezada Gallo | A. Gramin | C. Pattyn | M.R. Díaz Amaro | F. Debeaufort | A. Voilley
M. Linke | O. Schlüter | W.B. Herppich | M. Geyer
D. Martínez-Romero | S. Castillo | J.M. Valverde | F. Guillén | D. Valero | M. Serrano
A. Lichter | Y. Zutahy | T. Kaplunov | Z. Shacham | N. Aharoni | S. Lurie
M.D. Ferreira | A.C.O. Ferraz | A.T.O. Franco
A.C. Agulheiro Santos | C. Ventura | M.J. Garcia Bernalte | G. Pacheco Ribeiro
B. Ratanachinakorn | W. Kumsiri | Y. Buchsapawanich | J. Singto
S. Manurakchinakorn | P. Nuymark | P. Phoopouk | P. Poohern | U. Chamnan
V. López-Rubira | A. Conesa | A. Allende | F. Artés
E.C. Souza | R.H. Piccoli | C.A. Boari | A.B. Chitarra | M.I.F. Chitarra
L.R. Antoniolli | B.C. Benedetti | M.S.M. Souza Filho | M.F. Borges | D.S. Garruti
O. Nerya | R. Ben-Arie | O. Danai | S. Tamir | J. Vaya
J.A. Martínez | S. Sgroppo | C. Sánchez-Moreno | B. De Ancos | M.P. Cano
M. Ngarmsak | T. Ngarmsak | B. Ooraikul | P.J. Delaquis | P.M.A. Toivonen | G. Mazza
B.S. Souza | J.F. Durigan | J.R. Donadon | G.H.A. Teixeira | M.F.B. Durigan
B. Ingallinera | G. Spagna | R.N. Barbagallo | R. Bognanni | P. Rapisarda
L.G. Correia | M.L. Beirão-da-Costa | M. Moldão-Martins | M. Abreu
R. Massantini | M.C. Salcini | D. Monarca | M. Cecchini
D. Di Venere | V. Linsalata | L. Sergio | A. Cardinali | M. Pieralice | S. Vanadia | V.V. Bianco
J.F. Durigan | B.H. Mattiuz | M.A. Lima | R.D.V. Epiphanio | C.I. Biscegli
G. Goldman | Y. Vinokur | B. Horev | S. Lurie | V. Rodov | G. Liguori
M. Wisniewski | C. Bassett | T. Artlip | W. Janisiewicz | J. Norelli | M. Goldway | S. Droby
P. Bertolini | E. Baraldi | M. Mari | I. Donati | R. Lazzarin
K.L. McDonald | M.R. McConchie | A. Bokshi | S.C. Morris
G. Lima | R. Castoria | A.M. Spina | F. De Curtis | L. Caputo
W. Kumpoun | P. Chansri | J. Sornsrivichai | D. Supyen
S. Gualanduzzi | F. Neri | S. Brigati | A. Folchi
A.M. Menniti | R. Gregori | I. Donati
L.E.B. Blum | C.V.T. Amarante | R.M. Valdebenito-Sanhueza
L. Schena | F. Nigro | V. Soleti Ligorio | T. Yaseen | A. Ippolito | A. El Ghaouth
K. Whangchai | K. Saengnil | J. Uthaibutra
E. Mitcham | M.E. Monzon | T. Simpson | V. Bikoba | W.V. Biasi | X. Feng | J. Hansen | J. Tang | S. Wang | J. Johnson
G. Lanza | M.R. Calandra | M. Calvitti | C. Pedrotti | S. Barbagallo | M.E. Porto | R. D'Anna
M.M. Jowkar | Z. Farshadfar | H. Mohammadpour | A. Jowkar
S. Udas | B.K. Rai | M. Gurung | R. Thapa | P.P. Khatiwada
J.A. Barrera | M.S. Hernández | L.M. Melgarejo | J.P. Fernández-Trujillo
M.S. Hernández | J.A. Barrera | O. Martinez | J.P. Fernández-Trujillo
R.E. Alves | H.A.C. Filgueiras | A.S. Almeida | F.L.C. Machado | M.S.R. Bastos | M.A.C. Lima | D. Terao | E.O. Silva | E.C. Santos | M.E.C. Pereira | M.R.A. Miranda